Sus orígenes se remontan a un Poblado primitivo emplazado en el Cerro de la Mota. En el siglo II a.C se la conoce con el nombre Ambisna o (Mansina) mencionada así por las tablas de Ptolomeo. Durante la ocupación romana es llamada Pompeyica (Pampilica). Desde una descripción toponímica se la conoce también por Pannis-Pamplica (doblada en paños). Ligada estrechamente al reino de los Godos, es el Rey Wamba el más unido a Pampliega por haberse retirado al Monasterio de San Vicente en esta villa hasta su muerte en el año 688.
Sus restos fueron trasladados a Toledo durante el reinado de Alfonso X el Sabio. Desde la época de este Rey datan los privilegios que va adquiriendo Pampliega, sobre todo, el de un mercado semanal que hará crecer a esta villa a lo largo de toda la Edad Media. La personalidad milenaria de Pampliegla comienza a formarse en el siglo X, cuando las tierras de la confluencia del Arlanza y el Arlanzón comienzan a animase con la presencia de reconquistadores que, a finales del IX siglo han repasad la fortaleza de Castrojeriz y expanden una actividad repobladora en la villa de Pampliega. Se recuperó el nombre y se habilitaron las ruinas, incluidas las del Monasterio de San Vicente, y la villa volvió a ser reina y señora de la vega del Arlanzón.
La Baja Edad Media alterará profundamente los aspectos jurídicos y administrativos de la villa: el rey Fernando IV, en fecha de dos de enero de 1297, la transferirá de su señorío realengo al particular de García Fernández de Villamayor y a su mujer, doña Teresa..., un linaje poderoso en Castilla Vieja y cuyos núcleos de poder estaban en los cercanos lugares de Villaldemiro y de Villamayor de los Montes. Doña Teresa, ya viuda, venderá la villa de Pampliega a la ciudad de Burgos, por lo que esta localidad pasaba de ser un señorío individualizado al concejil. Esta nueva situación no mermó la prosperidad de Pampliega, ni perdieron sus privilegios de portazgo ni prendas que disfrutaban en el reino, es más Pampliega comenzaría a provecharse de las franquicias de Burgos.
Su historia permanecerá ligada al mercado y al comercio como fuente principal de crecimiento poblacional y económico hasta tiempos no muy lejanos. El nombre de sus plazas lo atestiguan. En la actualidad, después del éxodo rural, no llega a los 500 habitantes en invierno. Un pueblo de Castilla que, como tantos otros del mundo rural, abre sus puertas al visitante y le ofrece su legado histórico y la hospitalidad de sus gentes.